生物染色剂是利用加入对细胞中特殊物质(如DNA，蛋白质，脂质，糖类等)具有选择性的染剂，以此区别特殊物质。指示剂是一类在其特定的PH值范围内，随溶液PH值改变而变色的化合物，通常是有机弱酸或有机弱碱。

在化学试剂中，把带有颜色或可改变颜色的一类试剂统称为色素试剂，它包括了指示剂、显色剂和染色剂。

酸碱指示剂是遇到酸、碱能改变试剂颜色的指示剂，主要用来指示溶液的PH值，指示酸碱滴定的终点，如：甲基橙、酚酞、甲基红等。这些酸碱指示剂也是一种染料，但一般染料并不能直接作为酸碱指示剂，一般要进行提纯，严格控制试剂中的杂质含量，否则可造成PH值变色范围的迁移，影响滴定分析的结果。

氧化还原指示剂是指遇到氧化剂或还原剂能改变颜色的试剂，主要指示溶液中的氧化剂或还原剂的存在、用于指示氧化还原滴定分析的终点，如二苯胺、二苯胺磺酸钠、次甲基兰、邻二氮非-亚铁等。

能指示络合滴定终点的指示剂称为络合指示剂，因络合剂与金属离子之间的反应，所以络合指示剂一般均为金属离子的显色剂，如二甲酚橙、铬黑T、PAN、PAR、酸性铬兰K等。

在显色剂中还有很多是专门为光度分析用的金属离子显色剂如铜试剂、双硫腙、钒试剂、铝试剂等。这类试剂要求含量较高，欲测的金属离子和有干扰的离子要求含量较低，否则就会造成空白值低，吸光度误差大，测定值不准确等。

色素中还有一种试剂称为生物染色剂，他是用于生物体的染色和结缔组织、细菌草软毛、昆虫活体、细胞壁、细胞核的染色。如次甲基兰、酸性品红、碱性品红、中性红、考马斯亮兰等，这些试剂有的需直接合成，有的可从工业染料中提纯制备。如次甲基兰，染料次甲基兰中含有大量锌盐，必须洗掉锌盐才可作为生物染色剂。

值得一提的是工业染料的名字与染色剂的名字有很大的差异，千万不要混淆。